突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称

　　经验丰富稳重可靠的贤狼赫萝（小清水亚美 配音）遇见了孤身一人独自旅行的商人罗伦斯（福山润 配音），两人结为了旅伴，携手踏上充满了未知的旅程。某日，他们从教会都市出发，前往赫萝的故乡约伊兹。途中，两人来到了正在举行着盛大祭奠的城市库梅尔森，一位名叫阿马堤（千叶纱子 配音）出现在了他们的身边。　　阿