高二那年夏天，美丽的女孩武藤里伽子（坂本洋子 配音）随母亲离开大都会东京，来到了古朴幽静的高知。聪慧美丽的里伽子在这个偏僻的小地方如此靓丽，引来了男孩们的爱恋的目光，而她孤高的性格又让女孩们颇多微词。与她同班的班长松野丰（関俊彦 饰）偷偷喜欢着她，而松野的好友杜崎拓（飛田展男 饰）似乎也对里伽子

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。　　本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不

　　从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……　　雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的